军用集装箱表面处理的主要任务是防腐蚀。常用的是热浸镀锌工艺，通过在钢制箱体表面形成均匀的锌保护层，提供长效的阴极保护。镀锌层厚度通常达到80μm以上，关键部位还会进行双重镀锌处理。对于铝合金箱体，则采用阳极氧化工艺，在表面生成致密的氧化铝膜，明显提高耐蚀性。
      特殊涂层系统是抵御恶劣环境的另一关键措施。底漆采用环氧富锌等高性能防腐涂料，中间层为环氧云铁等屏障型涂料，面漆则选用聚氨酯或氟碳涂料提供耐候保护。这种多层涂装体系能有效抵抗紫外线、盐雾、酸雨等环境侵蚀。部分集装箱还会在易损部位增加耐磨涂层，防止运输过程中的机械损伤。
      电磁防护处理对军用集装箱尤为重要。采用导电涂层或金属化处理可以实现电磁屏蔽，防止内部电子设备受到干扰。雷达波吸收材料（RAM）的应用则能降低集装箱的雷达反射特征，提高战场隐蔽性。这些功能性表面处理通常与基础防腐体系相结合，形成复合防护效果。
      针对极端温度环境，集装箱表面会施加隔热或耐高温涂层。低温环境下使用弹性体涂层防止脆裂，高温区域则采用硅酸盐或陶瓷基涂料抵御热辐射。部分特殊用途集装箱还会配备自清洁涂层，利用光催化或疏水原理保持表面清洁，减少维护需求。这些质优的表面处理技术共同维护了军用集装箱在全天候条件下的可靠性能。