军用集装箱的密封设计主要考虑核生化（NBC）防护需求。采用多层密封结构，包括橡胶密封条、气压密封槽等组件，维护在核污染或毒气环境下仍能维持内部洁净空间。门缝等关键部位设置迷宫式密封，配合充气密封装置实现双重保障。部分特殊集装箱还配备正压维持系统，通过内部超压防止污染物渗入。
      防水密封是另一重要设计目标。箱体接缝处采用连续焊接或特种密封胶处理，维护在暴雨或浸水条件下不渗漏。箱门配备压缩式防水密封条，即使在水压作用下也能保持密封性能。排水系统设计为单向阀结构，允许内部冷凝水排出但阻止外部水流入。这些措施使集装箱能够适应两栖作战或洪水环境下的使用需求。
      高原及沙漠环境对密封结构提出特殊要求。低压条件下需要加强密封件的抗膨胀性能，防止因压差导致密封失效。防尘设计则重点关注活动部件的防护，采用特殊材质的防尘密封圈，并优化气流组织减少沙尘积聚。温度剧烈变化环境下的密封材料需具备良好的弹性记忆功能，避免热胀冷缩导致的密封间隙。
      电磁屏蔽密封是电子装备运输集装箱的关键特性。箱体接缝处设置导电衬垫，门框安装指形簧片，形成连续的电磁屏蔽体。电缆进出口采用波导通风窗或磁流体密封技术，在保持通风的同时阻断电磁泄漏。这些密封措施既保护内部设备不受干扰，也防止敏感电磁信号外泄，满足现代战争中的电子对抗需求。